No SEI, o arquivamento será realizado de forma lógica, sem a necessidade de distinguir as fases de guarda do processo. Ao finalizar a instrução de um processo no âmbito de sua atuação, a unidade deverá realizar a operação de conclusão do processo. Outra opção é não marcar a opção “Manter aberto na unidade atual” quando a unidade encaminhar para outra sem que seja necessário continuar o processo aberto. Quando o processo houver alcançado seu objetivo, ele deverá ser concluído em todas as unidades. A partir de então, a contagem da temporalidade será iniciada para fins arquivísticos.

No âmbito do SEI, a temporalidade corresponde ao prazo em que um processo deverá permanecer concluído em todas as unidades e a devida destinação ao final deste prazo: eliminação ou guarda permanente. Como o sistema não permite o trâmite de documentos avulsos, em regra os documentos assumirão a temporalidade dos processos em que estiverem inseridos (para saber mais sobre exceções a essa regra, consulte:  Documentos Gerados no Sistema).

1. Quaisquer dúvidas ou atividades relacionadas ao arquivamento físico de documentos deverão ser reportadas à unidade responsável pela gestão documental do órgão ou entidade.

Um usuário externo é pessoa autorizada a visualizar processos e documentos do SEI. Também pode obter autorização para assinar documentos disponibilizados para este fim.

Um usuário externo poderá obter a visualização integral de um processo, incluindo todas as suas atualizações posteriores à disponibilização do acesso. Poderá obter visualização por um prazo determinado ou, em vez disso, pode ser que o usuário obtenha acesso à verificação de documentos específicos dentro de um processo, podendo modificar ou não tais documentos. Em regra, documentos gerados no SEI são disponibilizados em formato html. Já documentos externos, importados para o sistema, serão visualizados nos formatos em que estiverem no processo.

A autenticidade de documentos gerados no SEI pode ser checada por meio de um endereço de página na Internet, um código verificador e um código CRC, disponíveis logo abaixo da identificação dos usuários signatários:

Ao acessar o endereço indicado, abre-se uma página em que poderá ser checada a autenticidade do documento por meio da inserção dos códigos fornecidos:

A funcionalidade de duplicação pode ser usada quando é necessário utilizar os documentos de um processo como modelos para um novo processo, por meio do ícone  :

Não se confunde com uma cópia do processo porque, ao serem duplicados, os documentos perdem as assinaturas. O sistema gera um novo número para o processo duplicado assim como gera nova numeração para os documentos. Todas as assinaturas e ciências são perdidas (para saber mais sobre assinaturas e ciência, consulte:  Assinaturas e  Ciência).

O sistema duplica documentos externos, mas não  e-mails e minutas de outras unidades. 

Para duplicar um processo, basta selecionar o processo a ser duplicado, clicar no ícone  (tela do processo). O sistema abrirá a tela “Duplicar Processo”. A tela contém um campo para preenchimento do nome do interessado e um quadro pré-selecionando com todos os documentos que poderão ser duplicados. Devem-se selecionar os documentos que serão duplicados ou manter a pré-seleção com as duplicações possíveis. Clicar em duplicar.

Enquanto não for assinado eletronicamente, um documento produzido no sistema é considerado uma minuta e só pode ser visualizado por usuários da unidade elaboradora, ainda que o processo esteja aberto para outras unidades. Enquanto o documento estiver como minuta, é possível sua visualização por usuários de outras unidades por meio de Bloco de Reunião (apenas visualização, não permite alterar nem assinar a minuta). O uso do Bloco de Assinatura permite que usuário de unidade diferente da elaboradora do documento possa visualizar, editar e assinar o documento.

O sistema não permite o trâmite de documentos avulsos. Todo documento deverá estar contido em um processo criado previamente. Há duas modalidades possíveis de documentos em um processo do SEI. A primeira é o documento gerado a partir do editor do próprio sistema (desejável). A segunda alternativa é o documento externo: documentos digitalizados ou nos vários formatos que possam ser importados para o sistema.

Assim como ocorre ao iniciar um processo, os documentos deverão ser identificados com um tipo previamente registrado no sistema. Para documentos gerados, este enquadramento ocorrerá durante a escolha do tipo do documento. Para documentos externos, o enquadramento ocorrerá durante o cadastro de dados do documento. A inclusão de documentos se dá por meio do ícone  na tela do processo:

Na tela “Gerar Documento” será escolhido o tipo de documento desejado, sendo que os tipos mais utilizados ficam em destaque assim que a tela é aberta. Para visualizar outros tipos, selecione o ícone ao lado de “Escolha o Tipo do Documento”. Para voltar à lista anterior, basta selecionar o ícone  .

Após a operação de inclusão, o documento é inserido automaticamente na árvore de documentos do processo e fica disponível para edição ou assinatura.

Sempre que um documento for clicado, o SEI irá tarjá-lo em azul e a visualização de seu conteúdo ficará disponível do lado direito da tela. Também será apresentada uma nova barra de menu com todas as ações possíveis para documentos.

A cada vez que um documento for incluído ou quando um documento (interno ou externo) for assinado, ficará visível um alerta  para todas as unidades em que o processo estiver aberto, exceto para a unidade geradora do documento. O ícone fica visível até que o primeiro acesso ao processo seja realizado. A ocorrência do acesso em uma das unidades não impede que o alerta continue visível para as demais.

1. O sistema permite a alteração dos dados de cadastro de documentos para todas as unidades em que o processo esteja aberto, ainda que o documento já tenha sido assinado digitalmente.

2. O sistema permite, inclusive, a troca do tipo do documento por qualquer unidade em que o processo esteja aberto.

3. O sistema também permite que possam ser enviados e-mails que comporão a árvore de documentos do processo. Não é possível cancelar ou excluir estes e-mails.

4. A inclusão de um documento com restrição do nível de acesso em um processo com menor nível de restrição faz com que todo o processo receba o nível de restrição do documento inserido (para saber mais sobre processo e documentos com níveis de restrição de acesso, consulte:  Processos com Restrição de Acesso).

É possível acessar o registro de alterações efetuadas em um processo e verificar o momento e a unidade em que ocorreram. A opção  está disponível na tela do processo, logo abaixo da árvore de documentos. Ao selecionar esta opção, abre-se a tela de “Histórico do processo”. Pode ser visualizado o histórico resumido do processo em um quadro que mostra data, unidade, usuário e descrição das operações realizadas. Também é possível a visualização do histórico detalhado ao selecionar a opção “Ver histórico completo” nesta mesma tela.

Esta funcionalidade deve ser utilizada apenas quando houver determinação formal para interrupção do trâmite do processo, seja dentro do próprio processo ou a partir de outro processo. O sobrestamento faz com que a contagem do tempo do processo fique suspensa, até que seja retirado o sobrestamento.
Para sobrestar é necessário clicar no número do processo e selecionar o ícone  :

a) Quando a determinação de interrupção do trâmite do processo constar formalmente no próprio processo, selecione a opção "Somente Sobrestar", preencha o campo "Motivo" e salvar:

b) Quando a determinação de interrupção do trâmite do processo constar formalmente em outro processo também existente no SEI, selecione a opção “Sobrestar vinculando a outro processo”. O sistema abre o campo “Processo para Vinculação”, no qual deve ser informado o número do processo que tenha determinado seu sobrestamento. Ao clicar em  , automaticamente preencherá o campo “Tipo” com o respectivo tipo de processo a ser vinculado. O campo “Motivo” deve ser preenchido e depois salvar:

Ao selecionar a opção "Processos Sobrestados" no menu principal, o sistema relaciona os processos da unidade que se encontram sobrestados e as informações relativas ao sobrestamento: usuário que efetivou o sobrestamento; data; motivo; e o número do processo na coluna “Vinculação”, caso o processo tenha sido sobrestado vinculado a outro processo:

Para remover o sobrestamento, basta o usuário selecionar o processo e clicar no botão  ou selecionar o ícone  "Remover Sobrestamento" no quadro que contém a relação de processos sobrestados.

1. Somente é possível sobrestar um processo que esteja aberto apenas na unidade que efetuará a operação.

2. Não há regra para o tempo limite em que um processo deva permanecer sobrestado.

3. Processos sobrestados saem da tela de "Controle de Processos". Para que sejam visualizados, deve ser acessado o menu "Processos Sobrestados".

A tela “Controle de Processos” organiza todos os processos abertos na unidade em dois grupos. O primeiro apresenta os processos recebidos e o segundo apresenta os processos gerados na unidade. O recebimento de processo ocorre quando o usuário clica sobre o registro que aparece em vermelho. O SEI registra automaticamente no andamento do processo a hora, a unidade e o login do usuário que recebeu o processo.

Todos os documentos do processo são organizados por ordem de inclusão, na vertical, em um modo de visualização denominado “árvore de documentos do processo”:

Processos que, por sua natureza, comportem grande volume de documentos apresentam seus conteúdos aglutinados em pastas, de modo que sempre fiquem visíveis os últimos documentos inseridos. Essa aglutinação não pode ser confundida com “Volume de Processo”, que é típico de processos em suporte físico, não existente em processo eletrônico.