O ministro ocupou uma das cadeiras destinadas à Aeronáutica na composição da Corte Castrense, tendo tomado posse no cargo de ministro em 13 de fevereiro de 2004.
Em fevereiro de 2008, o ministro Flávio de Oliveira Lencastre foi eleito presidente da Corte para completar o mandato do biênio 2007/2009.
O corpo do magistrado foi sepultado às 11h, no cemitério do Caju, no Rio de Janeiro.
