Inicialmente, a defesa suscitou preliminar de incompetência da Justiça Militar da União para julgar o caso, pelo fato de os valores movimentados por J. S. C. não serem destinados à Aeronáutica, mas à Igreja Católica. A alegação tinha por objetivo afastar a acusação de apropriação de dinheiro público, pois as ofertas eram destinadas à Igreja e não ao Estado. A hipótese de incompetência da Justiça Militar foi descartada pela maioria da Corte.
De acordo com a denúncia, o capelão creditava em sua conta pessoal o dinheiro que recebia dos fiéis, além de ignorar procedimentos de registro dos referidos valores. De acordo com perícia contábil, no período de 1997 a 2005, o padre movimentou, em sua conta corrente, R$ 370 mil, valor que não condizia com o soldo e os benefícios a que o capitão tinha direito. Além disso, os lançamentos registrados no livro de prestação de contas estavam muito abaixo das quantias de fato movimentadas pelo capelão.
O advogado do capelão declarou que os valores apontados como sendo de origem ilícita R$ 106 mil foram destinados a reformas e os outros R$ 200 mil eram provenientes do recebimento de doações e trabalhos externos realizados pelo religioso durante oito anos.
Em depoimento, o atual chefe da capelania afirmou ter recebido a capela em “estado deplorável”, “danificada” e “sucateada”. Durante os onze anos em que esteve à frente da capelania, J. S. C também deixou de registrar em livro, entre outras cerimônias religiosas, centenas de casamentos, o que põe em questão a própria legalidade dos atos. Tal atitude foi interpretada pela denúncia como o interesse do religioso em apropriar-se dos valores que cobrava nas celebrações.
